Lo del Emperador queriendo ser un Dios es algo muy posible, y como he dicho antes, creo (y no me hagais releer los primeros libros de la Herejia) que ya comentan algo en uno de los libros donde nos encontramos con Horus (eso si, lo dicen los "malos").
Como decis, es un plan que requiere muchisimo tiempo, pero en Mechanicus vemos que estos planes nos son impensables para el Emperador, y si nos damos cuenta en este mismo relato describen una pintura en la que aparece lo que bien pudiera ser la lucha entre el Dragon y el Emperador, cosa curiosa.
La mejor forma de controlar a la humanidad es mediante la religion, y en el mundo de 40k eso ademas te da un poder de Dios (mirad de donde sacan el poder los dioses del caos), asique puede que o bien el Emperador se vuelva arrogante y amicioso con el tiempo, o puede que su plan desde el principio fuera el de llegar a ser o tener poder de un Dios, puede que para tener poder sufuciente para destruir a los dioses del Caos, aunque eso es algo que solo se conseguiria con la eliminacion de las empociones que los crean, lo que puede ser otro de los motivos de la gram cruzada, absorver las civilizaciones y crear un modelo sin dichas emociones, lo que los dejaria sin "alimento",