Planteas una pregunta interesante, y todo depende de la rama del Adeptvs Mechanicus en la que te encuentres.
Segun una rama, el Omnisiah es una representacion del Emperador en efecto, de nuevo relacionado con la faceta divina del Emperador. Otra rama dice que el Emperador no es el Omnisiah sino algo completamente a parte, que tampoco llega a ser una divinidad, sino la propia esencia comun de las maquinas. Y por ultimo, la rama mas secreta y renegada sabe que detras de lo que se denomina Omnisiah hay algo mucho mas oscuro que todo eso, pero no queda claro si es el C?tan Dagon o bien un demonio o similar...