La tendencia de GW es que un mismo codex sirva para varios ejercitos, por eso quitaron las divergencias, por eso quitaron las reglas que impedian coger unidades de distintos dioses del caos... Empezando por los marines, que te "permiten" elegir un ejercito u otro segun el personaje especial que te cojas. La guardia imperial que tiene unidades que parecen un poco caoticas para que se puedan hacer renegados, aparte de que puedes hacerte catachan o cadia u otras segun los personajes que te cojas.
Por ello es muy factible un codex Inquisicion en los que te "permitan" escoger Xenos, Hereticus y Maleus. Segun el cuartel general que te cojas podras darle a tu ejercito una tematica u otra. Voluntariamente lo podras adaptar al trasnfondo para que solo sean Hermanas o solo Caballeros grises, pero seguramente las reglas te permitan tener una mezcla de ambos y de lo que saquen de Xenos.
A mi personalmente me parece bien, porque son ejercitos minoritarios y juntos cogerian mas fuerza para que estuvieran en la brecha y los vieramos mas amenudo en los campos de batalla.